Los alimentos transgénicos han sido desarrollados con base en algunas hipótesis:

La primera es que el hambre se debe a una brecha entre la producción de alimentos y la densidad de la población humana o tasa de crecimiento. Sin embargo, podemos verificar que no hay relación entre la ocurrencia frecuente de hambre entre un país y su población. Por cada nación densamente poblada y hambrienta como Bangladesh o Haití, existe una nación escasamente poblada y hambrienta como Brasil e Indonesia. El mundo produce hoy más alimento por habitante que nunca. Las verdaderas causas del hambre son la pobreza, la desigualdad y la falta de acceso.

Otra es que la ingeniería genética es la única o mejor forma de incrementar la producción agrícola y, por tanto, enfrentar las necesidades alimentarias futuras. Lo cierto y comprobado es que la mayoría de las innovaciones en biotecnología agrícola han sido dirigidas a obtener beneficios económicos más bien que empujadas por la necesidad. De hecho, tecnologías de bajo insumo implementadas por agricultores y ONGs están contribuyendo de modo significativo a la seguridad alimentaria a los niveles familiar, nacional y regional en Africa, Asia y Latinoamérica.

Lo cierto es que el uso de transgénicos presenta serios cuestionamientos que deben ser estudiados antes de autorizar su cultivo en cada suelo y ambiente geográfico específico:

	Un estudio del Servicio de Investigación Económica del USDA (Departamento de Agricultura de los EEUU) muestra que las semillas de soja transgénica produjeron menos bushels de semillas de soja que variedades similares producidas por la vía convencional (USDA,1999).
	Las nuevas proteínas producidas en alimentos transgénicos pueden actuar ellas mismas como alergenos o toxinas, alterar el metabolismo de la planta o el animal que produce el alimento, y reducir su calidad o valor nutricional.
	Los cultivos transgénicos violan el principio de "manejo integrado de pesticidas" (MIP), provocando cambios en especies de plagas o la más rápida y profunda respuesta evolutiva de resistencia a través de uno o más mecanismos, dada la exposición masiva y continua al gen pesticida presente en los cultivos.
	La lucha global por la participación en los mercados está llevando a las compañías a desplegar masivamente cultivos transgénicos en todo el mundo simplificando los sistemas de cultivo y creando una uniformidad que llevará a la "erosión genética" de las variedades locales utilizadas por miles de agricultores.
	La transferencia potencial a través del flujo de genes y la incidencia en organismos que no son objetivo y en los procesos ecológicos, son riesgos a tener en cuenta en cada región geográfica en que se adopten estos cultivos. Es más, la toxinas presentes en el follaje de los cultivos transgénicos puede afectar negativamente a las poblaciones de invertebrados del suelo que descomponen la materia orgánica y desempeñan otros roles ecológicos.

Las denuncias de los peligros tecnológicos, que son a menudo explosivas y formuladas con escasa conciencia técnica de la situación, pueden en la mayoría de los casos ser respondidas -y conjurados los peligros- por los tecnócratas y científicos con serenidad, dados los errores y las imprecisiones de estas protestas; y, en otros casos, desplegar todos los remedios previstos para impedir esos posibles desastres que se temen, enumerar las medidas de seguridad que harían imposible que se cumpliesen esas catástrofes, explicar cómo y por qué una investigación no dañará a los individuos, ni provocará otros perjuicios.  Pero aún así, se debería considerar el accidente imprevisible, la fragilidad del ser humano, una máquina que se deteriora, un hombre encargado de su control que pierde la cabeza, un terrorista que pone una bomba pueden acelerar el ¿destino? de extinción de la especie o de buena parte de quienes pertenecen a ella. Sobre todo enfrentar -especialmente en el caso de las manipulaciones genéticas- los desarrollos y las consecuencias que quizá en la actualidad la ciencia no está en condiciones de prever y que, si es una verdadera ciencia, debe admitir que todavía no sabe prever: aunque no fue producto de la ingeniería genética, el caso de la “vaca loca” ocurrido en Europa plantea la vulnerabilidad de la salud pública –aún en los mercados más sofisticados y protegidos del planeta. Los primeros en alimentar las vacas con esos productos que parecían tan redituables e inofensivos seguramente no imaginaron las espantosas consecuencias de su producción, que los ha convertido, objetivamente, en responsables de crímenes contra la humanidad.